1、分流系统堵塞：最为多见，一般在50%～70%左右。
2、感染：发生率为7%～10%，在儿童中更高达30%以上。主要为脑室炎或腹膜炎。
3、分流过度或不足：
（1）、过度分流综合征儿童多见。病人出现典型的体位性头痛，直立时加重而平躺后缓解。CT检查显示脑室小。
（2）、慢性硬膜下血肿或积液多见于正常压力脑积水术后，多为采用低阻抗分流管导致脑脊液过度引流、颅内低压所致。
（3）、脑脊液分流不足病人术后症状不改善，检查发现脑室扩大仍然存在或改变不明显。主要原因是使用的分流管阀门压力不适当，导致脑脊液排出不畅。
4、裂隙脑室综合征：通常指分流手术后数年出现颅内压增高的症状，如头痛、恶心、呕吐及共济失调、反应迟钝、昏睡等。但CT扫描却发现脑室形态小于正常，检查阀门通常按下后再冲盈缓慢，提示分流管脑室端阻塞。发病机制是由于长期脑脊液过度引流所致。
防止上述并发症最有效的方法是采用可调压分流系统进行分流。
5、其它并发症：
（1）、癫痫，约5%。
（2）、脑室端管的并发症。如视神经损伤等。
（3）、腹腔端管的并发症。包括分流管移位、断裂、脏器穿孔、肠梗阻、腹部积液等。
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