文章来源:小桔灯网
mNGS(宏基因组二代测序技术),最早由威斯康辛大学植物病理部门的JoHandelsman提出。是源自于来自环境中的基因集可以在某种程度上当成一个单个基因组研究分析的想法。
年,新英格兰医学杂志报道了一个通过宏基因组辅助检测治愈了一名原因不明、反复发热、具有癫痫及脑积水症状的14岁男孩的案例。由此正式拉开了宏基因组应用于临床微生物诊断的帷幕。
迈向风口:新冠疫情助力mNGS快速发展
年新冠疫情肆虐全球,mNGS在新冠病毒的基因组序列解析过程中发挥了重大作用,同时也极大推动了mNGS应用的快速进展。在过去的一年中,金匙基因,微远基因,予果生物、杰毅生物等多家代表企业获得过亿元的融资,以及mNGS专家共识[1-2]相继发布,也体现了资本市场以及行业专家的认可。
与此同时,随着mNGS市场应用认知加强,行业相关公司产品也相继进入报证阶段。作为行业上游原料供应商,翌圣生物在此期间发挥了重要助力,针对检测难点,持续提供高品质的建库试剂盒以及原料等,助力mNGS临床检测的快速推进。
内外需求:共同推动mNGS行业的发展
外部因素:“限抗令”的实施
数据显示,医院抗生素综合使用率达到70%以上,已经到了严重滥用的程度。而在英美等发达国家,抗生素院内使用率仅有不到25%。7月23日,国家卫健委发布《关于持续做好抗菌药物临床应用管理工作的通知》,逐步限制抗生素的滥用。
内部因素:新发病原体频现
由年往前,直到年,寨卡病毒,埃博拉病毒,MERS,布尼亚病毒,SARS等,新发病原体频现,且爆发时进展快、传染性强,传染病原体快速、准确鉴定,成了控制疫情的关键因素。翌圣生物国内首推酶切法PCR-Free建库,1h内即可完成建库流程,极大缩短交付周期,快速完成病原体鉴定。
最佳利器:mNGS快速诊断不明原因感染
临床传统传染病诊断技术以免疫测定和PCR检测为主,先预设患者可能的感染情况,再选择对应项目检测。但现实是,中枢神经系统感染的患者中,大概50-60%的病因不明,脓毒血症患者中约40-50%病因不明,常见的下呼吸道感染中也有15-62%的病因不明。
mNGS无需预先假设特定病原微生物,可无偏倚,广覆盖,高效率完成病原微生物鉴定,当仁不让成为不明原因感染诊断的最佳利器。
图宏基因组测序与传统病原微生物检测的区别
质量评价:mNGS的发展瓶颈
对于不明病因感染的临床诊断,mNGS技术具有无法替代的优势,因此其应用转化的速度远超人们想象。现阶段,制约其发展的主要瓶颈,逐渐由技术本身的局限和挑战转变为相关质量控制与评价方法以及质量标准等的缺失。年12月,中检院发表《病原宏基因组高通量测序技术质量控制与评价的挑战和思考》,针对mNGS质量评价方法和标准提供了相关思考[3]。
快速建库:助力mNGS极速交付
临床病原微生物感染患者起病急,发病快,因而mNGS检测的快速交付尤其重要,在目前交付体系中,除了物流因素,最重要的就是缩短文库构建的时间。
作为国内病原微生物样本酶切法建库的率先倡导者,翌圣生物已经和国内诸多知名的病原微生物厂家展开深入合作,助力临床精准病原微生物检测。
年10月ICG-15上,作为上游试剂供应商,翌圣生物推出全新的酶切法PCR-Free建库试剂盒,1h即可完成建库流程,极大缩短mNGS检测交付周期,并受邀在大会发表主题为“mNGS快速建库方法,基于提升mNGS时效性”的报告。
HieffNGS?OnePotⅡDNALibraryPrepKit
亮点展示:1.采用酶切法DNA建库,建库通量更高,成本更可控;
2.一管式DNA文库构建,操作简便,极大缩短交付周期;
3.极低的背景菌检出控制,生信判读更方便;
4.针对多种临床样本,均能高效完成建库;
5.适用于主流自动化(MGISP等)平台操作
性能展示:
图不同来源临床样本建库性能展示
图不同DNA样本酶切建库产量重复稳定性分析(MGISP)
mNGS快速建库解决方案
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